大塔宫护良亲王早在中兴初期就预见到了尊氏可能发生的叛乱，所以特意在尊氏封地的关东插进了一个新田义贞，又在他背后的奥州安上了一个北畠亲房，而既忠实可靠又足智多谋的楠木正成则被封在京畿，他的封地摄津、河内好象巨人的双臂般拱卫着天皇所在的京都。另外，虽然尊氏被封在关东，却只将足利直义放在镰仓镇守，他本人则以辅政之名被栓在京都坐冷板凳。尊氏在京都举步维艰，根本没有机会的造反，自然恨透了大塔宫，于是在逼走义贞后，矛头立即指向大塔宫。

建武元年〔1334年〕十一月，因为大塔宫暗自招兵买马，以防变局，尊氏见机会来到，遂上奏诬其谋反，愚蠢的后醍醐天皇“当机立断”拘捕了大塔宫，并讨好似地送往镰仓关押。

就在尊氏万事俱备的时候，最后的一线东风也终于来到了早在元弘三年〔1333年〕，不甘失败的北条余党就拥立旧执权北条高时的次子北条时行为总大将，在信浓的诹访掀起反旗，到了建武二年〔1335年〕七月初，这支叛军居然连战连捷，直致攻破镰仓。足利直义杀害了被囚禁的大塔宫，然后保护着成良亲王逃往骏河。

足利尊氏得到了这个天赐良机，急忙上奏后醍醐天皇，要求竭尽忠义，亲自出马讨伐北条乱党，并在还没得到正式诏命的情况下，就自封征东将军，率领部下离开京都，去与足利直义会合。八月一日，尊氏更提出无理要求，请求在他出征时权代征夷大将军职，后醍醐天皇不肯答应，折衷为任命成良亲王为征夷大将军，统领尊氏、直义等部兵马。

关东各地武士纷纷合流，尊氏手下很快就增加到了三万余人。在和直义汇合后，官军一路东向，击败了远江的桥本叛军，然后又在骏河、武藏消灭了叛军主力，十九日彻底收复了镰仓，北条时行逃走。由于时行是已经灭亡的先代镰仓幕府执权的遗孤，而攻破镰仓仅二十日就失败了，故此次叛乱被后世称为“二十日先代之乱”或“中先代之乱”。

八月三十日，后醍醐天皇为嘉奖尊氏平乱之功，特加封从二位之职，并命其即刻返京交令。尊氏磨磨蹭蹭地不肯立即成行，反而上表要求补上征夷大将军的空缺。十月，藤原氏的上杉宪房夺取了新田义贞的领地上野来献，在宪房的倡议下，尊氏自封征夷大将军，网罗党羽，以讨伐奸臣新田义贞为名掀起反旗，开始公然和建武朝廷作对。

尊氏造反的消息传到京都，后醍醐天皇大怒，立即向全国下达了“尊氏追讨诏”，任命尊良亲王为上将军，新田义贞为大将军，分别从东山道和东海道两路进攻镰仓。同时传檄奥州，命令北畠亲房从尊氏身后发动攻击。

十一月二十五日，新田义贞在三河的矢引川大破足利尊氏部将高师直的前军。十二月五日，又在骏河的手越河原大破足利直义的部队，突破了箱根天险，军势直逼镰仓。在镰仓坐镇的尊氏见东海一路吃紧，急令直义在竹之下死死顶住，自己亲率大军支援。十一日至十二日，尊氏首先打败了兵力比较薄弱的尊良亲王，然后集中东山道方面的精锐部队同义贞展开决战。

此时，尊氏方的兵力已经远远超过义贞，而赞岐的细川定禅、备中的饱浦信胤、越中的普门利清等豪族也在各处群起响应。义贞以寡敌众，关键时刻从幕府方投降过来的佐佐木道誉等军突然倒戈，致使其腹背受敌，终于战败，并在遭受重大打击后退往伊豆国府。不久，义贞在国府的防守战中再次落败，率部退回京都。

趁着战胜之势，除留下千寿王的少量部队驻防镰仓外，足利尊氏不顾背后义良亲王和北畠亲房已从陆奥发兵，亲率几乎全部兵力西上，准备在朝廷新挫，兵马调度不及的情况下一举拿下京都。一路上，各地对建武新政不满的武士竞相加入尊氏军，总兵力号称数十万之众。

足利尊氏自己也很清楚，楠木正成用兵之策远在自己和新田义贞之上，并且京都附近是正成打过多年游击的所在，地形熟悉，根基深厚，想要占领京都，必须先争取楠木正成的相助。于是他写信给正成，许他事成以后封以畿内、南海十一国的土地，然而被正成一口回绝了。

楠木正成组织了勤王部队开入京都，并着手布置防务工作。当尊氏的部队在来年〔1336年〕元旦对京都发动攻势时，十二月三十日前的最佳形势已经不复存在，一个贯穿势多〔防卫将领千种忠显、名和长年、结城亲光〕、淀和山崎〔防卫将领新田义贞、胁屋义助〕、宇治〔防卫将领楠木正成、楠木正季〕的三角形防御体系已经构成，尊氏不可避免地被卷入了艰苦的攻坚战中。

元旦当日，尊氏首先集中兵力对宇治发动了攻击，由于正成、正季兄弟防守得异常严密，攻打了整整一天后，尊氏军竟未能前进一步。九日至十日，尊氏又将突破口改在了淀，但义贞所部拼死抵抗，尊氏仍无法得手。

就在尊氏一筹莫展的时候，播磨的赤松则村、赞岐的细川定禅派来了联络使者，表示愿意协助夹击京都。十日，赤松则村之子范资和细川定禅率领中国、四国的大军突然袭击了山崎阵地，胁屋义助战败逃亡。山崎失陷，楠木正成的三角形防御体系顿时崩塌，各方官军全面溃散。义贞率残兵连夜进宫护送后醍醐天皇逃往叡山，楠木正成、名和长年等人也都率领残余部队向该方向突围而走。十一日，尊氏军进城，京都宣告沦陷。

但是，这一切实际上都在楠木正成的预料之中。京都防御失败后，正成坚壁清野，在紧要关隘布下重兵，并派遣部队截断尊氏的粮食供给线京都，成为了一座巨大的牢笼。